Здравствуйте.
Никто и никогда его удалять не будет.
Вероятно у Вас в настрйоках клиента установлено, не отображать системные файлы, поэтому этот файл не отображатся, проверьте пож. настрйоки.
через какой ftp клиент Вы подключаетесь к ftp?
войдите в файл менедджер, в правом верхнем угле "Парамтры" и там установите галочку "Показать скрытые файлы (dotfiles)"
ok
