Можно ли задать разную версию PHP для сайтов?

Да, версия PHP задается отдельно для каждого домена.

Где изменить версию PHP?

В разделе WEB через редактирование домена.

Нет, изменения применяются автоматически.

В панели управления VestaCP можно изменить версию PHP для конкретного сайта.
Для этого войдите в панель управления VestaCP:

Перейдите в раздел WEB:

Наведите курсор на нужный домен и нажмите Редактировать:

В поле Шаблон WebHTTPD выберите нужную версию PHP:

Нажмите Сохранить:

После этого изменения будут применены: